知网查重算法主要应用于学术领域，其核心原理是基于语义相似度的比对，能够较好地识别文本之间的相似性。而维普查重算法则更偏向于对文本的结构和词汇进行比对，适用于不同类型的文本查重。此外，知网查重算法在处理长文本时表现更为出色，而维普查重算法在短文本查重方面有一定优势。

在实际应用中，如果需要对学术论文或长篇文章进行查重，可以优先考虑使用知网查重算法，以获得更准确的结果；而对于新闻稿件、简短文档等短文本的查重需求，维普查重算法可能更适合。综合来看，根据具体的查重需求和文本特点选择合适的算法是最为关键的。